引起膀胱結石最常見的有兩個部分的原因，第一就是上尿路的結石在排的過程中排到膀胱裡去，因為能從上尿路排下來，石頭都不是很大，可以從膀胱出口排出體外，但是比例並不大。大部分的膀胱結石是在膀胱內自行形成，造成結石的原因也分幾種情況，最常見的是由於前列腺增生，膀胱內經常有殘餘尿，時間久了以後殘餘尿出現理化性質的改變，容易析出結石核心，進而就逐漸地形成了膀胱結石。由於出口梗阻、殘餘尿多，這是一個主要原因，很多前列腺增生的患者都伴發有膀胱結石。因為感染以後引起膀胱內的理化性質的改變，細菌的活動也容易析出結石，往往是前列腺增生患者由於尿瀦留一潭死水，在這個基礎上最先形成了感染，繼而就發生了結石，這兩個因素合起來的作用最為常見。

第二是由於器械，外科操作留置的尿管或者異物，有的人有異常的性行為，異物停留在膀胱裡形成結石核心。有些醫療操作留置尿管，也可以構成膀胱結石，在膀胱結石的形成過程中也是一個不小的比例。由於飲食結構改變，有些人蛋白攝入少，大量地食用植物性的飲食，草酸鹽、磷酸鹽攝入的多，容易形成結石的核心，在貧困地區和農村經常看到膀胱結石是由這個原因引起。