目前膀胱結石基本上都是採取腔鏡微創治療，不是過去傳統開刀手術，即經過尿道、膀胱鏡經氣壓彈道碎石或者鈥激光碎石，然後將打碎的結石衝出來。術後通過多飲水，必要時服用抗生素預防尿路感染。原發性的膀胱結石往往都有繼發性的原因，同時需要處理繼發原因。如果前列腺增生需要進行前列腺電切術，尿道狹窄需要狹窄內切開或狹窄切除吻合術，否則患者排尿不淨，結石很快復發，臨床上有很多這樣的例子。

如果結石非常大、非常硬，不能夠採取微創的方法進行治療，也可能需要開刀手術，需要切開膀胱把結石取出來，把膀胱腹壁再縫合上，可能術後的住院時間稍微長一些。術後需要插尿管，尿管一般在1周以後才能拔除，插尿管期間要注意護理、清潔，尿道口要消毒，避免泌尿系感染。微創手術的方法術後不插尿管，或者插1天即可，創傷更小、恢復更快。