膀胱結石長期刺激將引起膀胱黏膜損壞，引起尿路感染；長期結石刺激，可引起膀胱黏膜惡變；膀胱結石的病因，比如神經源性膀胱等，可導致長期排尿不暢，引起膀胱功能失代償，造成膀胱順應性下降、腎臟積水以及腎功能損傷等；因而患者也需檢查膀胱結石的病因，及時治療原發疾病，否則原發疾病持續存在，可反覆引起膀胱結石疾病。