輸尿管結石的手術治療目前主要的方法是採用輸尿管鏡和腹腔鏡兩種方法，輸尿管鏡應用的更為廣泛。

無論是男性和女性，在輸尿管下段和中段的結石，一般都可以應用輸尿管硬鏡進行手術。在手術時將輸尿管鏡從尿道進入到膀胱裡面，然後在導絲或者輸尿管導管的指引下，使鏡子從輸尿管膀胱出口，進入到輸液管內部，然後一直上行，直到遇到結石。然後應用碎石的設備，比如有氣壓彈道碎石、鈥激光碎石，將比較大的輸尿管結石打成比較小的結石碎塊或者粉末，通過尿流或者由輸尿管鉗取出。

對於比較高位的輸尿管結石，由於管腔直徑的限制、輸尿管比較迂曲等條件所限，輸尿管硬鏡從尿道口進入之後不能達到結石所在的位置。可以採用輸尿管軟鏡，可以將高位的輸尿管結石首先推到腎臟裡面，然後通過軟鏡在腎臟內部直接將結石打碎和取出。

有一些輸尿管結石體積比較大，甚至可以達到3-4釐米，應用輸尿管鏡處理顯得力不從心。在這個時候可以採取腹腔鏡，直接把輸尿管切開，然後把石頭取出，再將輸尿管用可吸收線縫合，這樣的方法也可以治癒結石。