重複腎手術較少產生後遺症，但存在個別例外情況可出現併發症，具體如下：

1、出血：因為重腎涉及血管遊離、腎臟切除，如處理不當或遺漏分支血管、切除創面止血不徹底可出現滲血，導致局部血腫形成。術後可行B超或CT檢查明確；

2、尿外滲：包括輸尿管吻合或再植時出現尿外滲，以及重腎創面處理時如損傷腎盞也可能出現此類現象；

3、吻合口狹窄；

4、反流現象；

5、殘端感染：重腎切除後遺留2-3cm死腔，如果伴異位開口可能出現腸道感染、泌尿系感染，必要時需行二次手術切除殘端。