男性患兒陰莖較小原因較多，具體如下：

1、陰莖自身較小：足月新生兒陰莖長度需達3cm或成年後小於均值百分位以下。小陰莖屬於特定概念，因為部分患者無垂體、腎上腺、睪丸、性腺軸，導致激素分泌異常所致陰莖較小，即屬於小陰莖；

2、隱匿型陰莖：陰莖海綿體發育正常，但陷於海綿體內，外推海綿體即可顯露陰莖。此類情況需進行手術治療，將陰莖表面纖維素帶去除，使陰莖更好顯露；

3、埋藏式陰莖：患兒體重較重、腹部肥胖，即恥骨前脂肪較厚，致使陰莖陷入脂肪內。