小孩陰莖小的發病原因複雜，一般患兒陰莖小，主要是因為患兒肥胖、隱匿，家長觀察認為是患兒陰莖小。但是醫生檢查其不屬於小陰莖，只是看起來短。

患兒陰莖長短是相對的，有的患兒相對較長，有的患兒相對較短。此外，對小陰莖的診斷還有其它標準，臨床上真正的小陰莖較少見，一般老百姓帶著患兒到醫院就診，主訴患兒陰莖小，其實都不是真正的小陰莖。