小兒陰莖發育不良的處理或干預有年齡限制。小兒＜14歲時，一般不進行過多幹預。如果＜14歲小孩比較肥胖，建議積極鍛鍊，消耗身體脂肪，尤其恥骨前脂肪，使陰莖顯露出來，而且鍛鍊本身也會激發睪丸發育或者促使其進入青春期，通過上述處理，大部分小孩陰莖短小都可以得到緩解。
男孩超過14歲，外生殖器還沒有變化，睪丸大小、第二性徵都沒有出現變化，陰毛也沒有出現，這時一定要帶小孩到醫院進行診斷、治療。診斷主要是鑑別或者檢查睪丸分泌睪酮的能力，如果這時睪丸分泌睪酮非常低，可能要用促進睪丸分泌睪酮的藥物。使用藥物3-6個月後，進行專科醫學檢查，觀察男孩血液裡性激素的變化。如果沒有變化，則需延長治療期，如果有變化，已經啟動青春期，可以停止使用。