陰莖短小的治療方法包括：

1.生理性陰莖短小：多見於恥骨聯合部、會陰部脂肪較多的男性，可通過手術治療，去除多餘的脂肪，使陰莖得以延長至正常長度；

2.病理性陰莖短小：染色體異常、克氏綜合徵、卡爾曼綜合徵導致的陰莖短小，應及時就診，明確病因，對症治療。