自閉症治療的最佳時期一般需要在兩歲前，可以在專業人員的指導下進行家庭干預，兩歲以後可以在醫院、專業機構、家庭共同參與綜合系統干預，所以兩歲左右是自閉症治療的最佳時期。對於自閉症來說，因為它是能夠影響患兒社會功能的慢性疾病，所以儘早診斷、儘早干預非常關鍵。

自閉症的治療在臨床上，教育或行為途徑的干預訓練作為主要的治療方法，包括人際交往能力的訓練、溝通技能訓練、動作技能訓練、個人自理能力訓練、學業技能訓練、高級認知能力的訓練或自我調節能力的訓練等，另外藥物治療也在一定程度上可以緩解自閉症引起的焦慮、抑鬱。

但是目前來說，沒有特效藥物來治療自閉症的核心症狀。