手足口病如果僅僅通過吃藥就能夠好，一般需要一個星期左右的時間。大多數比較輕的手足口病患者，在一個星期之內症狀都能痊癒。並不認為手足口病的患者吃藥，能夠明顯縮短手足口病的病程，因為絕大多數的藥物都是對症治療的，比如退熱的布洛芬與對乙酰氨基酚，僅僅將過高的體溫降到正常，避免發生高熱驚厥。

在發熱的時候，患兒會明顯的不舒服，對症使用這些藥物，主要是為了讓患兒感覺更加舒服，並不認它們能夠明顯縮短手足口病的病程。中醫中藥這一方面，應用板藍根等清熱解毒的藥物，有可能對整體的病程有比較好的影響。對比較重的手足口病患者應用藥物，比如糖皮質激素或者人免疫球蛋白，以及應用清熱解毒、瀉火的中藥，有可能對病程有控制和縮短。對於輕症的手足口病，並不認為這些藥物能夠明顯的縮短病程。