腸上皮化生指慢性胃炎長期作用後，導致胃黏膜上皮被小腸上皮或大腸上皮代替的變化。腸上皮化生本身並不可怕，治療主要是根除幽門螺桿菌，治療慢性胃炎。

根除幽門螺桿菌一般採用四聯用藥，包括一種抑制胃酸藥物，比如奧美拉唑、雷貝拉唑、艾司奧美拉唑等；兩種抗生素，比如阿莫西林、克拉黴素、四環素、左氧氟沙星等；還有鉍劑，即果膠鉍藥物，四聯藥物用10-14天就可根除幽門螺桿菌。根除幽門螺桿菌後，能從根本上減少腸上皮化生過程，也從根本上減緩病情進展。治療腸上皮化生還需注意飲食，避免辛辣刺激食物，不要吸菸、飲酒等。