對於反流性食管炎的患者來說，不存在吃什麼藥最有效這種說法，藥物的選擇是多種多樣的，只能說適合患者的藥物才是最有效的。臨床上醫生一般指導患者服用拉唑類的抑酸藥物，在藥物選擇上建議選用單日服用劑量小、不良反應少、安全性高，而且抑酸時間比較長的藥物。

例如新一代的拉唑類藥物艾普拉唑腸溶片，抑酸時長在23小時左右，所以即使是夜間睡覺的時候，藥物也能發揮作用，基本不會出現半夜被反酸水嗆醒的情況，可以有效緩解反流性食管炎的不適症狀。除此之外，H2受體拮抗劑包括鹽酸雷尼替丁膠囊等，能夠與胃壁的H2受體結合，從而抑制胃酸的分泌，緩解反流症狀。還有枸櫞酸莫沙必利分散片、鹽酸伊託必利片、多潘立酮片等促胃動力藥，能夠增強並協調胃腸節律性運動，從而緩解反流性食管炎的相關症狀。

在治療期間，患者要避免吃辛辣刺激性食物和生冷食物，儘量不要喝咖啡和濃茶，以免引起不適。