反流性食管炎可能會導致患者出現呼吸難受，即呼吸困難。反流性食管炎患者伴有呼吸困難，多數是由於胃酸反流至食道、咽喉部，長期刺激導致患者咳嗽，進而出現哮喘或呼吸困難的症狀。反流性食管炎可能會導致吸入性情況的產生，導致患者出現呼吸困難、咳嗽等相關症狀。

咳嗽與咽部不適是反流性食管炎患者的食管外表現，對於呼吸困難或者有咳嗽、咽部不適的患者，排除咽部疾病與肺部器質性病變外，要考慮反流性食管炎的因素。如果存在反流性食管炎並伴呼吸困難，可以給予PPI(質子泵抑制劑)進行治療，如蘭索拉唑、雷貝拉唑、奧美拉唑、泮托拉唑、艾普拉唑等。通過2周的診斷性治療，如果症狀緩解或明顯改善，說明屬於反流性食管炎，此時要給予規範的抑酸治療，療程通常為4-8周。