部分巴雷特食管是反流性食管炎引起。巴雷特食管是鱗狀上皮被柱狀上皮所替代而形成，其癌變率相較於未患巴雷特食管患者高30-50倍。臨床上若發現巴雷特食管，建議每年檢查一次胃鏡，及早發現食道病變，給予胃鏡下干預治療，或外科手術干預治療，可以獲得痊癒。定期檢查胃鏡，對於預防巴雷特食管癌變有幫助。

臨床上出現反流、燒心等情況，這時需考慮反流性食管炎，建議儘早完善胃鏡檢查，明確診斷。因為部分反流性食管炎，可以導致出現巴雷特食管。若規範化治療反流性食管炎，巴雷特食管發生率會下降，目前給予PPI治療，治療療程是4-8周。