反流性食管炎是一種炎症，但和細菌感染引起的炎症不同，所以患者所服消炎藥不是抗菌素。當有反流性食管炎時，主要針對炎症的藥物是抑酸劑，臨床上使用最多的是PPI類藥物，包括艾司奧美拉唑、奧美拉唑、泮托拉唑、雷貝拉唑等。目前接近90%的患者通過使用抑酸藥可有效控制症狀，使潰爛黏膜得到癒合。

部分患者經過藥物治療後效果不佳，目前有一種新型抑酸藥物，即伏諾拉生，抑酸效果比臨床常用的PPI類的抑酸藥更強。但是畢竟其臨床使用時間不長，是否可以長期使用還需臨床上進一步觀察。除用抑酸藥外，還可加用食管黏膜保護劑和促進胃腸運動的藥物，對反流性食管炎均有幫助。