一次大量攝入奇亞籽會有一定副作用，不侷限於女性，主要副作用體現在引起消化系統的不適，可出現腹脹、腹痛等消化不良的症狀，嚴重時可出現腹瀉。因奇亞籽富含的不溶性膳食纖維可吸水膨脹，適量進食後可增加飽腹感，延長飢餓時間，但過量飲食可導致胃腸道無法消化，造成消化不良。

因奇亞籽中的α-亞麻酸具有抑制血小板聚集作用，可稀釋血液，正在使用肝素等抗凝劑的患者不宜食用奇亞籽，以免引起一系列不良反應。

奇亞籽營養單一，應搭配蔬菜、水果、魚肉、蛋類等食物，才能滿足機體營養需要。雖然奇亞籽已被歐洲食品安全局認定為不會引起過敏的食物，但不排除部分特殊體質人群食用後出現過敏反應，出現皮膚瘙癢、打噴嚏、流涕等症狀，因此需謹慎食用。