肺靜脈異位引流手術後的併發症，可簡單分為近期併發症和遠期併發症。近期併發症同多數與心臟手術類似，可出現早期心臟切口出血、呼吸道梗阻、肺部感染、急性腎功能衰竭等。由於完全型肺靜脈異位引流可引起左心功能受限，心臟內畸形矯正後，左心負擔增加，還需注意維護心臟功能。

遠期併發症常見於重建肺靜脈和左心房吻合口狹窄，導致血液迴流受限。因此在術後一段時間內，需密切監測吻合口、左心功能及左心結構的具體情況。