對於真菌感染性肺炎，根據不同的真菌，其治療效果不同。真菌有酵母菌類，包括念珠菌、眼球菌；另外還有黴菌類，包括有麴黴菌。其實在臨床中相對比較兇險的是念珠菌血症引起的肺部感染以及侵襲性麴黴菌感染。念珠菌血症可能是發生於比較重的患者，患者可能會有各種導管的植入，這樣的患者病情就比較重。
侵襲性麴黴菌感染的患者，往往免疫功能較差。這兩種感染的死亡率都相對比較高，但不是完全不能夠治癒。治療主要是在積極抗感染的同時糾正全身的通常情況。因為這樣的感染還會有其它的基礎疾病。在積極抗感染的同時糾正全身疾病，大部分患者的預後比較好，可以治癒，但是治療的週期比較長。