嬰兒室間隔缺損的治療方法根據缺損的大小和部位決定，如果孩子室間隔缺損較大，早期已經嚴重影響生長發育，出現生長發育遲緩、汗多、出氣較粗、消化不好等則需早期手術治療。具體手術治療方法如下：

1、開胸修補手術最經典，手術後恢復很快，但任何手術都不是絕對完美，有優點必然就有缺點；開胸修補手術的缺點是有刀口，現在都採用美容縫合技術，可以用藥物進行處理，其優點是手術後完全跟正常的孩子一樣，學習、工作、生活都不受影響，參加體育鍛煉也沒問題；

2、微創封堵是用封堵器把室間隔缺損封堵，優點是恢復較快；缺點是室間隔缺損的周圍是心臟傳導束，傳導束在室間隔缺損的後下方過來，所以傳導束非常容易受到損傷，在心臟跳動的過程中封堵器不斷摩擦，有可能造成損傷；損傷後心髒不搏動，患者需要緊急處理，比如安裝永久性起搏器，需要戴一輩子，代價很大；還可能出現瓣膜損傷，如果室間隔缺損較大可能會損傷三尖瓣，或者主動脈瓣離得較近，也可能會受到損傷。

此外，患者需要進行抗凝治療，吃藥時間會較長，一般要求3-6個月。如果抗凝不足或者抗凝過度導致血栓形成或出血等表現，封堵是金屬材料，在體內會遺留金屬異物，可對學習、工作、生活造成不便，所以患者選擇何種手術方式、什麼時間進行治療要慎重考慮。