腦動脈栓塞的栓子最常見的來源是心臟，具體如下：

1、慢性房顫：由於心房的附壁血栓脫落而引起栓塞；

2、血管粥樣硬化：即由於血管內的粥樣硬化斑塊脫落造成；

3、心內膜炎：主要見於亞急性感染性心內膜炎，從而導致心臟瓣膜上的部分細菌性栓子脫落，同樣可以引起腦動脈栓塞。

除此之外，腦動脈栓塞還可以有其他來源，比如長骨骨折，骨髓腔內的一些脂肪隨血液進入腦動脈，也可以造成腦動脈的脂肪性栓塞。還有全身其他部位的惡性腫瘤，腫瘤性的栓子通過血管進入到顱內，也可造成腦動脈的栓塞，另外還可以見到如氣栓等情況所造成的栓塞。

總體來說，腦動脈的栓塞來源可以分為以上幾類。當然，腦動脈栓塞的最常見部位，是大腦中動脈的供血區部位，因為大腦中動脈是頸內動脈末端的直接延續。