下肢球囊擴張術的弊端為術後可再次發生狹窄。目前針對此類弊端研發出藥物塗層球囊，藥物塗層球囊表面存在藥物，可較大程度抑制血管內膜再生，即儘量維持血管通暢，並延緩血管再次發生狹窄。

此外，若選擇的球囊過大，可造成血管內膜損傷、夾層，甚至造成血管破裂出血等嚴重後果，通常情況下應儘量選擇適合於患者血管直徑的球囊進行治療。