一般深靜脈血栓治療是儘量減輕深靜脈血栓症狀，同時祛除血栓。一部分深靜脈血栓最危險的併發症是肺動脈栓塞，因為下肢靜脈是迴流到心臟，再從心臟流到肺動脈，如果下肢血栓碎了，有一塊塊血栓脫落，隨著靜脈血流流回心臟，到肺動脈裡會發生嚴重的肺動脈栓塞。治療血栓基本上要休息，靜脈得血栓了，不能到處亂走，否則血栓脫落會較麻煩，而且還會加重腫脹，主要的治療是抗凝。

現在有較多好的方法，除抗凝之外，還可以有把血管經過穿刺微創方法直接把血栓溶掉或者抽出，把血栓清除的越徹底越早，後遺症就越小。預防血栓脫落可以藥物治療、抗凝，抗凝可以預防脫落。如果有必要，也可以在腔靜脈裡，也是微創放個小濾網，攔截下肢血栓形成，這種治療一般有經驗的醫生大概5-6分鐘就可操作完畢。