寶寶肛瘻自愈後通常不會復發，即通常不會殘留瘻管。寶寶的肛瘻早期，可能是肛周膿腫的表現，即肛門周圍存在膿包，此時處於急性期，醫生可能會進行切開引流的手術，或待其自愈。度過急性期後會形成肛瘻，此時稱為亞急性期或慢性期，會形成肛周的竇道或瘻管樣結構，逐漸會有分泌物或膿性液體排出。

但寶寶的肛瘻與成人肛瘻不同，後者多需要通過根治性手術才能治癒，而寶寶的肛瘻多數預後較好，因為其瘻管比較單純、走行較單一、位置也較表淺，且寶寶的自愈能力較強，因此較少會遺留後遺症，即較少有殘留瘻管的情況。此外，也與本身的因素多為功能性疾病有關，包括便秘，或排便時肛管、直腸壓力增高等，因此自愈後，通常沒有殘留的瘻管等情況。