肛瘻一般不會自愈，如果不能得到及時手術治療只會逐漸加重，因為肛瘻屬於肛周的一種慢性感染性疾病，多繼發於肛周膿腫、肛隱窩感染。肛瘻如果是由於肛竇感染引起無法達到自愈，需要通過手術切除肛瘻的瘻管以及引起原發的感染內口。低位單純性肛瘻可以直接通過手術方式，通過外口找到內口把管道同時切除，創面敞開以後讓瘢痕緩慢癒合即可。

高位複雜性肛瘻建議採用掛線方式，避免出現括約肌全部受損、大便失禁，在術後需要及時換藥，以求創面儘早癒合。肛瘻患者除選擇手術治療外，還需要注意肛門周圍衛生，每天坐浴清洗，平時注意飲食調理，因為排便不規律容易導致肛瘻發生。