肛瘻術後復發不分任何時間和年齡，有可能在幾個月或幾年後復發，肛瘻屬於感染性疾病，治癒後如果沒有惡性刺激存在一般不容易復發。肛瘻是臨床一種難以治癒的肛周感染疾病，在治療過程中醫生會針對一個或多個內口以及瘻管高低，採取相應治療手段。多數情況都進行掛線治療，將瘻管徹底切開、切除，使新生肉芽組織向外填充，創面癒合才能使肛瘻頑固性疾病得到治癒。因此在肛瘻手術以後應嚴格遵照醫囑，保證飲食和生活習慣的健康狀態，對預防肛瘻復發較為重要。術後重新復發的原因如下：

1、新肛瘻發生：因為患者再次出現肛周膿腫症狀，從而導致新肛瘻發生，給人們一種肛瘻復發的錯覺；

2、內口較複雜、位置較高：內口有兩個或兩個以上，尋找內口不能徹底或不完全，引流不通暢時可導致復發；

3、瘻道支管腔隙清除不徹底：手術過程中沒有徹底清除壞死組織或支管導致復發；

4、肛門內口處理不當或無明顯內口：可引起肛瘻復發。

因此，術中正確尋找原發內口、清除肛門腺體、引流通暢較為重要。