肛瘻手術時間一般較短，除高位複雜性肛瘻以及合併痔瘡，可能手術時間較長，大約需要1小時以上。低位肛瘻通常半小時左右可以完成手術，位置較低的肛瘻可以通過門診手術不需要住院，可服用消炎藥控制炎症發生，同時配合中藥坐浴、換藥，在家多休息可以癒合。此過程不能劇烈運動，避免進食辛辣刺激食物、喝酒，保持良好心態。

如果是位置比較高的肛瘻病情比較複雜，需要住院手術，手術的方式較多，包括瘻管切除、掛線，需要根據具體的病情選擇手術方式，總體原則是不能傷及括約肌或者導致肛門括約功能受損明顯。手術需要打麻醉並不會出現疼痛，在術後應該住院半個月左右，需要觀察患者傷口，同時進行換藥、坐浴、外洗等治療。