肛瘻術後創面癒合後通常排便、排尿正常，排便時可以控制大便，無肛門失禁、肛門狹窄，肛門無任何主觀不適，患者自己判斷是否癒合可以根據以上感覺進行。專業判斷需要專業醫生進行系統檢查後才能做出判斷，通常肛瘻傷口如果不再出現感染和破潰等於疾病徹底癒合。無任何症狀包括無滲出、瘙癢、局部無紅腫。需要進行肛門指診檢查，指診肛門括約功能無明顯受損、創面較平整、無明顯壓痛、無明顯凹陷，則肛瘻癒合。

肛瘻手術傷口恢復較為緩慢，大手術如複雜肛瘻至少需要1-2個月，因為傷口從內部往外使肉芽填充上皮爬行，同時要求引流通暢緩慢癒合。部分人癒合較差會形成假性癒合，此時需要及時應用中藥坐浴，及時就醫複查。