肛瘻經過手術治療後有可能復發。肛瘻為一種慢性炎症性疾病，主要表現為肛門裡有內口，肛門外有外口，內外口之間有一個慢性炎症的管道樣結構。內口有腸內容物的進入，進入管道中，可能刺激一次新的急性炎症產生，使瘻道中產生膿性分泌物。膿性分泌物逐漸增加，從外口流出，為肛瘻的一種常見的表現。反覆發作後，可能不單純為一個瘻管，也可能向周圍出現側支。在治療時，這些側支可能找不到，造成手術後，肛瘻再次復發。

肛瘻形成的最重要病因，還可能因瘻口較隱匿，手術難以準確找到內瘻口，即內瘻附近，肛隱窩，原發感染病灶的位置。手術的成功與否與原發病灶有關，病灶可能隨著時間延長或者反覆發作，難以準確找到。

肛瘻術後復發為肛腸科複發率非常高的一種疾病，無論醫生還是患者都非常關注。從患者的角度，一旦肛瘻確診，應儘快予以手術治療。延遲手術或者較長時間的延遲手術，可出現以上情況，可能從簡單的肛瘻變成複雜的肛瘻，即不是出現一個瘻道，可能有多個瘻道的存在。