肛瘻為肛腸科的常見疾病，為慢性感染性疾病。從臨床症狀分為簡單性肛瘻及複雜性肛瘻，如何判斷肛瘻是否為複雜性肛瘻。若肛瘻的瘻管走行較複雜，如有多個瘻管、瘻管有多個瘻口，或瘻管波及肛門括約肌位置較高，波及括約肌較多，手術可能導致出現肛門控便功能下降。同時肛瘻位置是否在前方，即靠近會陰中心部位，靠近陰道或靠近外生殖器方向的肛瘻，女性患有肛瘻，此類都為複雜性肛瘻的診斷要點。

即在上述情況下，都有理由將其稱為複雜性肛瘻。複雜性肛瘻治療起來可能有困難，準確尋找到內口或準確將瘻管的瘻道完全打開，在手術操作上較複雜，或肛瘻經過治療復發可能性較大。手術治療後可能使患者產生肛門控便功能下降的可能性較大，此類情況都可稱為複雜性肛瘻。