肛瘻分為簡單性肛瘻和複雜性肛瘻，治療效果具體如下：
1、簡單性肛瘻：經過治療多數能夠得到徹底治癒，複發率較低；

2、複雜性肛瘻：複發率較高，高達30%的患者術後復發。複雜性性肛瘻經過治療，導致患者出現大便溼滯的嚴重併發症，醫生對病灶探知較困難，探查肛瘻病變範圍較困難，造成治療困難，無法100%保證治癒。雖然複雜性肛瘻治療不理想，但多數複雜性肛瘻能夠治癒，部分可能復發。