正常肉芽不用修剪，因為肉芽是正常組織。但如果肉芽高於創面、高於皮膚之上，此時必須修剪，如果不修剪，皮膚爬不上去。肛瘻治療原則是切開整個肛瘻，讓壞死組織脫落，管壁壞死組織都會變成膿液流出來。當壞死組織全部脫落以後，會從基底部長出正常肉芽，只要不長虛即可。但是，如果都填滿以後肉芽再長高，則需要修剪，因為只有修剪後，創口邊上的皮膚才能往上爬，如果不處理肉芽，皮膚永遠爬不上去。

許多患者在肉芽長得差不多就不再複查，幾個月後仍然覺得大便時有血和疼痛感，此時才去醫院就診，往往因為肉芽長的比較多，皮膚不能完全爬上去，達不到癒合的效果，才導致大便時有血、疼痛感，故肉芽多出的部分一定要修剪。