通常肛瘻不會自愈，一旦確診應當積極給予手術切除，通過手術可以徹底根治。根據肛瘻瘻管位置高低選擇不同手術方式，可以行瘻管切開術，在骶管麻醉或局麻下行手術治療將瘻管全部切除、開放，靠肉芽組織生長使傷口癒合，適用於低位肛瘻治療。高位肛瘻可以行切開掛線治療，利用橡皮筋切割作用，緩慢切開肛瘻，可以在骶管麻醉或腰麻下進行。術後需要每日坐浴及便後坐浴，使創面清潔，養成良好衛生習慣。預防肛瘻形成包括以下幾點：

1、便後與睡前應用溫水坐浴清潔肛門，經常保持肛門乾燥與清潔，預防肛瘻與其它疾病發生；

2、預防便秘與腹瀉，保持大便通暢；

3、每天定時排便，養成良好排便規律；

4、少食辛辣刺激性較強食物，節制飲酒，平衡飲食，多食富含粗纖維食物，多食用水果與蔬菜，養成良好生活習慣；

5、在日常生活、工作中儘量避免久坐，適當增加活動，預防肛瘻疾病發生；

6、對於原發性疾病需要進行積極治療，例如糖尿病患者需要對症治療血糖，控制血糖水平，緩解併發症發展；

7、日常生活與工作中，如有肛門不適或下墜症狀應及時就醫，做到早發現、早確診、早治療。