一旦肛瘻形成幾乎無自愈可能，需要手術治療才能根治，可以進行肛瘻切開術或掛線術，肛瘻遷延不愈包括以下原因：

1、肛瘻瘻道在肛門括約肌之間通過，由於括約肌經常不斷收縮和舒張壓迫瘻道，影響瘻道內膿液排出，因此膿液形成感染導致肛瘻難以自行癒合；

2、直腸內本身存在一定壓力，可以將直腸內感染物質，例如糞便和氣體，經常不斷從內口進入瘻道，刺激瘻道腔壁，從而繼發感染後由外口排出。

但目前肛瘻根治方法只有手術，服用消炎藥、坐浴等方法對肛瘻腫痛、流膿等症狀，雖然有一定緩解作用，但無法達到根治效果。如果不及時治療，單純性肛瘻可能變成複雜性肛瘻，低位肛瘻也有可能因為感染炎症逐漸變成高位肛瘻，增大治療難度，患者也會增加痛苦。如果超過10年以上肛瘻，因為慢性炎症反覆刺激存在一定癌變幾率。因此肛瘻治療一定需要高度重視，做到早發現、早治療，避免拖延，以免增加治療難度。