小兒肛瘻原發灶多在肛內肛竇，多由肛竇內肛腺感染引起，肛瘻發作時以肛周腫痛流膿為主要症狀，如果出現流膿症狀時說明肛瘻正處於發作期，肛瘻流膿症狀通過保守治療或隨炎症消退慢慢出現流膿停止，屬於肛瘻靜止期，隨原發病灶肛竇再次感染會出現腫痛流膿症狀。

因此肛瘻整個發病過程往往分為發作期和靜止期交替，肛瘻腫痛、流膿症狀消失並不意味肛瘻已經治癒，只是肛瘻炎症暫時緩解，並且往往只是暫時，肛瘻一旦形成一般很難治癒，往往需要手術治療。