肛瘻術後複發率無法一概而論，主要根據肛瘻具體情況，比如是低位單純性肛瘻還是高位複雜性肛瘻。高位複雜性肛瘻術後報道甚至有15%以上覆發幾率。但小兒肛瘻往往以單純性低位肛瘻多見，因此小兒肛瘻手術後複發率比成年人低很多，因此各位家長也不必擔心。

如果是低位單純性肛瘻需要到正規醫院就診，由富有經驗的肛腸專科醫生實施手術，在手術過程中準確找到感染肛腺即內口，術後並給予適當處理，幾乎不會復發。如果是高位複雜性肛瘻，即使到正規醫院由有經驗肛腸科專科醫生實施手術，仍有一定復發幾率。