男性肛瘻的早期症狀通常以肛周膿腫為主，然後再出現肛瘻。因肛周膿腫而發生的疼痛，為所有肛腸良性疾病中最劇烈的一種。通常此類病人在就診時可表現為大汗淋漓、無法行走，甚至由於疼痛而導致失眠。

無論肛周膿腫為自行破潰，還是通過大夫處理後形成外口，均可因傷口遷延不愈而形成外口、內口，以及中間竇道。當患者出現肛瘻後，需及時就診，一旦診斷則應儘快進行手術治療，否則無法達到根治目的。