肛瘻的分泌物要及時處理，因為分泌物中含有大量的細菌、壞死物質，細菌和壞死物質在創口停留時間越長，對傷口的影響越大。所以一旦發現肛瘻上有明顯的分泌物，要進行積極的高錳酸鉀或中藥坐浴，或使用PVP-I，以及溫鹽水清洗，清洗後局部覆蓋一塊幹紗布，後期還需要定期換藥。

肛瘻是一種感染性疾病，所以手術後肛管部分創口上會產生輕度感染，從而出現分泌物。分泌物越多，證明肛瘻創口越大、越多，或者越複雜。如果肛門部創口被肉芽組織覆蓋，表面都是新鮮的肉芽組織，其分泌物會明顯減少，所以肛瘻手術後的分泌物量提示疾病的癒合狀態。分泌物越多，癒合情況越差，隨著分泌物的減少，肛瘻創面的癒合越來越好。