如果能夠正確找到並切開內口，一般不會形成肛瘻。但是有時候找到的內口不一定是真正的內口，所以部分肛周膿腫仍然會變成肛瘻。

肛周膿腫絕大多數由於肛管腺體產生感染形成膿腫、肛門周圍組織皮膚未發生破潰或者醫生切排後所形成。肛周膿腫手術有兩種類型，一種是一期切開內口引流，術後發展為肛瘻的情況較少；另一種是肛周膿腫單純性引流。

對於淺表型、範圍不大的膿腫，多采取一期膿腫切開術進行治療；對於範圍較廣、深度較深的膿腫，既有肛管周圍間隙感染，又有直腸周圍間隙感染，多采取單純性引流的方法進行治療。在急性感染階段不容易找到內口，因為肛腺發生感染後產生膿腫，最大的問題是內口堵塞，即感染性物質排不出去才會形成膿腫。