具體來說，目前基本公認肛瘻是肛腺感染病灶所致。肛瘻的發生原因主要是肛管內肛腺感染，腹瀉患者即大便次數過多的患者，得肛管內肛腺感染的機會更多，但是也不是大便正常的人就不會得。人體有肛腺結構就有得肛瘻的機會，一旦出現肛周膿腫、肛瘻，患者應該及時到正規醫院處理。

男性和女性導致肛瘻的原因、發病機制相同，但是男性肛周膿腫、肛瘻發病率要遠高於女性，可能與男性激素的分泌有關係。肛瘻發病原因主要在於肛管的齒線有隱窩，隱窩類似布口袋，袋口朝上。隱窩內部有肛腺開口，肛腺感染以後會成形成感染性病灶，穿過括約肌間隙以後形成原發性膿腔，再沿著原發性膿腔向四周擴散，形成各種類型的竇道，比如高位複雜肛瘻、低位單純性肛瘻等很多類型的肛瘻。