治療肛瘻最有效的方式是手術治療。手術治療方式也較多，包括比較常用的竇道切開術，位置比較深或者竇道比較長的患者可以採用竇道切除術，還有竇道切除加直腸瓣轉移手術，但是沒有一種手術保證能100%治癒。尤其是高位複雜肛瘻，現在對於世界也是一種難題，低位特別簡單的肛瘻治療較簡單，任何醫生都能處理，但高位極其複雜的肛瘻，任何一個醫生都不敢保證100%沒有問題。因為肛瘻手術除要切除原發病病灶之外，還要保護肛門功能，不能做完手術以後竇道好了但肛門失去功能。所以肛門手術應該比較複雜，也是難度比較高的手術。肛瘻保守治療中沒有太好的藥物對肛瘻有治癒效果，包括現在的外用藥物、栓堵、生物膠等，都是配合手術中使用，起到一定輔助作用，單純藥物治療無效。