肛瘻有微創手術，部分特定手術方式比如LIFT手術屬於肛瘻微創手術，肛瘻針應用也應該是微創手術方式。但上述手術方式都是對於特定肛瘻的手術方式，一般針對低位單純性肛瘻，特別複雜的肛瘻不適用此類方式。但高位複雜性肛瘻，目前還沒有比較認可複發率比較低簡單手術方式。

儘量減少對組織創傷、保護功能均可屬於微創手術，在可行範圍之內，儘可能減少切口大小也屬於微創範圍之內。因此，手術過程中只要考慮到對患者功能、皮膚方面保護，都屬於微創範圍。

假如肛瘻手術即切除完竇道以後，把竇道做完整皮膚縫合，加快癒合速度，也屬於微創手術範圍。對於複雜性肛瘻微創手術治療還在研究中，目前還沒有特別好結論能證實其對於高位複雜性肛瘻能做到複發率降低。所以肛瘻治療中有微創手術，但是微創手術應該有一定適應症，肛瘻治療目的主要是減少復發，患者不要盲目追尋微創，微創手術不一定對每種病都適用，所以患者應該遵循專業醫生的專業意見執行。