肛瘻屬於比較複雜的疾病，多數是由肛腺感染引起，處理肛瘻有以下兩個重要的環節：

1、在肛門外，肛瘻外口和皮下索條組織裡的膿腔、組織裡的瘻道；

2、肛門內肛腺感染引起肛瘻內口，即肛瘻來源從肛管內發生，需對其進行處理。

上述兩個部分都處理完善後肛瘻會徹底治癒，有一項處理不完整或遺留較小的問題，則會反覆發作、長期不愈，可能還要需要進行較小的修理手術。所以肛瘻手術屬於十分複雜的問題，並不像痔瘡、肛裂手術一樣簡單，因為需要有較高的判斷性，錯綜複雜的結構使得手術難度增加。如果將以上兩個部分瘻管均處理徹底，肛瘻則不會復發。