肛瘻不是一種單純的疾病，肛瘻和肛周膿腫是同疾病的兩個不同階段。肛瘻的前半部分是肛周膿腫，肛周膿腫如果沒有得到及時治療，自行潰破形成竇道以後形成肛瘻。

肛管裡都有肛竇的結構，有的人肛竇比較深，比較容易存糞便，糞便無法及時排出之，內部會滋生細菌導致炎症。如果還沒有及時干預，甚至如果病人又進食辛辣食物，又喝酒，加上血管的怒張，血液迴流減速，炎性因子排出減緩，會進一步加重炎症的發生，最終發展為肛周膿腫。如果膿腫進一步發展、潰破，最終形成經久不愈的竇道，則稱為肛瘻。肛瘻不能夠自愈，一定要進行手術干預。