肛瘻患者必須進行手術治療，肛瘻是感染性疾病，肛腺感染發展到肛門周邊，最後可能與外側的肛門皮膚相通形成纖維化竇道。如果不進行手術，炎症無法治癒、感染原無法去除，肛瘻會反覆發作，而每次發作都有可能使膿腫感染範圍增加。

此外，如果不進行手術，則可能使簡單性單純肛瘻最後演變為非常高位的、複雜的肛瘻。高位的複雜肛瘻至今為止一直是整個外科系統的難題，處理非常困難。因此儘量不應等到其發展到高位、複雜後再去治療，肛瘻一旦發現必須進行手術治療。