肛瘻的複雜程度非常不同，如果是較小的肛瘻，比如裂瘻或者皮下瘻治療起來非常簡單，做完手術以後患者可能1周左右可以完全恢復，因此進行一次手術可以得到根治。但是複雜的肛瘻可能由於感染延展到非常深的位置，比如可以發生到直腸環以上，而直腸環是控制排便的大閘門，如果進展到直腸環以上，肛瘻手術非常困難。
如果損傷直腸環，手術以後患者可能出現肛門失禁。如果對直腸環進行徹底的保護，可能對感染灶不能進行徹底的清除。另外由於瘻在皮下蔓延，也可能肛瘻的長度非常長，向下可以發展到大腿甚至於膕窩，向上可以發展到臀部甚至於後背，更遠有報道說發展到頸部、上肢，都是從肛門感染蔓延導致。
所以肛瘻是否為大病也與治療是否及時有關。如果不及時治療，肛瘻可以從小病拖成非常嚴重的大病，甚至於嚴重至威脅生命，影響患者手術以後的生活質量。