肛瘻和肛周膿腫是相同疾病的不同階段，都是肛周特殊原因導致感染以後的疾病。必須選擇進行手術治療，沒有其它方法可以將其根治。膿腫是急性期，而肛瘻是慢性期，肛瘻的特點即為肛周反覆破潰、流膿，出現上述情況只能明確已經是肛瘻。

因為肛周膿腫最後的預後也分為兩種情況，無論是切開還是自行破潰以後都有可能自愈，但是自愈的機會在5%以下，所以95%肛周膿腫經過切開引流或者其它方法治療以後會形成肛瘻，而形成肛瘻以後非常典型的症狀即為反覆破潰流膿。