醫院治療矮小症取決於其病因，治療矮小症醫生會根據其身體狀況作出系統性的檢查，明確其引起矮小症的誘因做出針對性治療。

如果矮小症是由人體缺乏鈣元素引起的骨骼發育不全，醫生常會建議多吃含鈣元素多的食物，比如鈣片、骨頭湯、高鈣奶等。

如果矮小症是由於營養不良導致的生長發育不良，則醫生常會建議制定合理的飲食措施，多補充營養物質，還會建議諮詢相應的營養醫師，制定合理的飲食方案。

如果矮小症是由人體缺乏生長激素引起，則醫生常建議多補充生長激素，通常會給人體注射相應的生長激素劑或服用生長激素藥物。