直腸腺瘤治療要根據直腸腫瘤的大小、部位選擇不同的治療方案，比較小的直腸腺瘤可以通過內鏡下面進行摘除，小於1cm可以通過內鏡下面套扎或經黏膜切除或黏膜下摘除。但是距離肛門比較近的直腸腺瘤，通過內鏡操作比較困難，比如低於4cm或4-5cm可以通過肛門將腫瘤摘除進行病理檢查。直腸腺瘤大部分均為良性，惡性較少。大於2cm的直腸腺瘤在病理之後有絨毛狀腺瘤，要儘量將腫瘤整塊切除。

雖然活檢為良性，但不能保證全部腺瘤均為良性，依然要將其全部摘除，併到醫院進一步做腸鏡。通過內鏡摘除或者經肛門將息肉摘掉，最後做病理報告，如果依然呈現良性則無問題。但1年後還要定期複查，並每年進行腸鏡檢查。