BK病毒情況下，要綜合評估患者狀態，決定是否進行腎臟移植。通常BK病毒血症，要先進行治療，而BK病毒尿症可以根據情況進行腎臟移植。若處於BK病毒血症，一般不建議立即進行腎臟移植。通常在BK病毒血症轉陰的情況下，再次進行腎臟移植，隨後要密切觀測體內BK病毒情況。

若為BK病毒血症，要進行相應處理，主要通過減少免疫抑制劑，依靠患者免疫力壓制BK病毒，原因在於BK病毒血症會對新移植腎造成影響。現在大多數中心認為，單純BK病毒尿症沒有必要進行較積極干預，一般只需觀察即可。

BK病毒是在正常人的免疫狀態情況下，一般年齡較小時，是隱匿性感染。當免疫力正常時，成人不會造成BK病毒感染。BK病毒感染，通常見於腎移植術後，免疫力較低下的情況下。若未處理BK病毒，未完全恢復情況下，進行第二次腎移植時，要進行綜合評估。一般BK病毒尿症，對腎臟不會造成明顯損傷，而BK病毒血症可能對移植腎造成損傷，引起BK病毒腎病。